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「医療費控除は住民税にも適用されるの？」
「確定申告した医療費控除はいつ反映される？」
このような疑問を抱えていませんか？
医療費が一定以上の金額になった場合に所得控除ができる医療費控除。家計の負担が軽減される制度ですが、何がどれくらい減るのかわからない人も多いでしょう。
そこで今回は、医療費控除で確定申告した際の住民税の反映時期や金額・申告の注意点について解説します。この記事を読めば、医療費控除が住民税にどれくらい影響するかがわかり、確定申告もスムーズに申請できるようになるでしょう。
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医療費控除とは、1月1日から12月31日までの1年間の医療費が一定の金額を超えた場合に適用になる所得控除のことです。確定申告で申告することにより税金が軽減され、家計の負担が軽くなるので助かる人も多いでしょう。
医療費控除には以下の2つの種類があります。
それぞれ詳しく解説します。
（1）納税者が、自己又は自己と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費であること。
（2）その年の1月1日から12月31日までの間に支払った医療費であること。
あなた自身の医療費だけでなく、生計を共にする配偶者や家族の医療費も対象です。同居していない家族の場合も、要件を満たせば対象になります。そして医療費控除の金額は以下のとおり算出します。
医療費控除の金額 =（医療費の総額 – 保険金などで補填される金額）- 10万円（※総所得が200万円未満の人は、総所得金額の5%の金額）
出典：国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
医療費控除が適用になる金額は、総所得金額によって異なります。特に所得が200万円未満の場合は総所得の5%の金額を超えた場合に対象です。
「10万円を超えた場合のみ」と勘違いしやすいので気を付けましょう。また、保険などで補填された金額が控除から差し引かれることも覚えておいてください。
通常の医療費控除の対象となる費用は以下のとおりです。
◆ 医師、歯科医師による診療や治療の対価
◆ 治療のためのあん摩マッサージ指圧師、はり師、きゅう師、柔道整復師などによる施術の対価
◆ 助産師による分べんの介助の対価
◆ 医師等による一定の特定保健指導の対価
◆ 介護福祉士等による喀痰吸引等の対価
◆ 保健師や看護師、准看護師
による療養上の世話の対価
◆ 治療や療養に必要な医薬品の購入の対価
◆ 病院、診療所又は助産所などへ収容されるための人的役務の提供の対価
上記以外にも、医療機関へ通院する際の交通費や入院中の食事代も対象になります。一方で、美容目的の整形手術代や自家用車で通院する場合のガソリン代は対象外です。
このように、対象になる費用とならない費用が細かく定められているので、申告する前に確認しましょう。
厚生労働省によると、2017年から医療費控除の特例としてセルフメディケーション税制が開始されました。セルフメディケーション税制は以下のように定められています。
健康の保持増進及び疾病の予防として一定の取組を行っている方が、その年中に自己又は自己と生計を一にする配偶者その他の親族のために12,000円以上の対象医薬品を購入した場合には、「セルフメディケーション税制」（通常の医療費控除との選択適用）を受けることができます。
医薬品の費用は家族のために購入した分も対象になりますが、適用されるにはあなた自身が「一定の取り組み」をしている必要があります。そして「一定の取り組み」自体にかかる費用は所得控除の対象にはならないので注意しましょう。
セルフメディケーション税制の対象となるスイッチOTC医薬品は、購入時の領収書やレシートに控除対象である旨が記載されています。具体的な対象医薬品は厚生労働省のホームページで確認できるので、確認しましょう。
確定申告で医療費控除を申告すると、所得税が減額されることは知っている人が多いでしょう。実は、所得税に加えて住民税も減額されます。
この章では、医療費控除による住民税の減額について詳しくみていきましょう。住民税の税額に反映される時期や実際に住民税がどれくらい減るかもシミュレーションします。ぜひ参考にしてください。
医療費控除は、対象となる所得から高額になった医療費を差し引く制度です。つまり、医療費控除を申告すると課税所得金額が減るため、所得税だけではなく同時に住民税も減額されます。住民税の減額を受けるために再度申請する必要はありません。
総務省によると、所得にかかる住民税の税率は、都道府県民税と市区町村民税を合計して10%です。したがって、医療費控除額の10%に当たる金額が住民税から差し引かれます。
医療費控除の申告後、すぐに住民税が安くなったり、還付されたりするわけではありません。住民税は収入が発生した翌年の6月を起点として徴収されます。年末調整や確定申告によって1年間の課税所得金額が決定した後に徴収が始まる仕組みです。
医療費控除を申告した場合も、反映されるのは翌年の6月から。所得税とはタイミングや反映方法が異なることを覚えておきましょう。
医療費控除で住民税が実際にどれくらい減るのか、気になる人も多いでしょう。通常の医療費控除とセルフメディケーション税制の2つのケースを想定して、シミュレーションしてみました。
《ケース①》
（30万円 – 10万円 – 5万円）× 住民税率10% = 1万5千円
《ケース②》
（4万円 – 1万2,000円）× 住民税率10% = 2,800円
あなたの住民税がどれくらい減額されるか知りたい場合、上記のように対象となる医療費や医薬品の合計金額を算出して、計算してみましょう。通常の医療費控除の場合、受け取った保険金や手当てなどの金額も必要です。
通常の医療費控除もセルフメディケーション税制も、受けるためには確定申告をする必要があります。勤め先の年末調整では申告できないので、必ず確定申告をしましょう。
確定申告ができる期間は決まっていますが、医療費控除の還付申告のみをする場合は、年明けすぐから申告可能です。（参照元：国税庁）
申告方法はe-TAX・郵送・税務署に持参する方法の3つがあります。特に税務署に持参する場合、確定申告の時期は混み合うので、早めに還付申告をするのがおすすめです。
医療費控除の申告をする際の注意点について解説します。注意点は以下の3つです。
医療費控除の注意点
それぞれ詳しくみていきましょう。
通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は、併用して申告できません。どちらか一方を選んで申告することになります。選択するために、まずは両方の控除額を計算しましょう。所得控除額が大きくなる方を選択して申告するのがおすすめです。
いずれかの適用を選択して申告した後、修正の申告によって選択を変更はできません。後悔しないよう、医療費や医薬品代金の計算漏れがないように注意しましょう。
所得税が発生していない場合でも、医療費控除の申告はしたほうが良いケースがあります。なぜなら所得税が発生していない場合も、住民税が発生していることがあるからです。
住民税が課税されるボーダーラインは給与所得100万円（給与所得控除55万円・非課税限度額45万円）です。一方で、本人の所得税は給与収入103万円（給与所得控除55万円・基礎控除48万円）を超えると課税されます。
さらに、所得税と住民税は所得控除や税額控除の計算方法も異なります。所得税がないからといって、確定申告をしないと減額されるはずの住民税まで請求される可能性があるので注意しましょう。
ふるさと納税と医療費控除は併用可能ですが、ワンストップ特例制度や控除上限額の計算に気をつける必要があります。注意ポイントは以下の2つです。
医療費控除を受けると、ふるさと納税で控除できる最大の額が、一般的に医療費控除額の2％〜4.5％程少なくなります。例えば、10万円の医療費控除を受ける場合、約2,000〜4,500円程度ふるさと納税の控除額が減るということです。
また、ふるさと納税のワンストップ特例制度を利用すると、確定申告なしで住民税の減額が受けられます。この制度を利用するには、確定申告が不要な給与所得者・年内にふるさと納税を行った自治体が5団体以内であることが適用条件です。
医療費控除は確定申告が必要なので、必然的にふるさと納税のワンストップ特例制度が利用できなくなります。確定申告でふるさと納税の申請も必要になるので気をつけましょう。
関連記事：医療費控除の手続き方法とは？医療費控除の種類と対象となる費用・ならない費用を解説
この記事では、医療費控除で確定申告した際の反映時期や金額・申告の注意点について解説しました。医療費控除は所得税だけでなく、住民税も減額されます。
所得税と住民税は、控除額の算出方法や徴収方法・時期が異なるので、解説した内容を確認しましょう。また、医療費控除を申告する際にはいくつかの注意点があります。
失敗して本来受けられるはずの控除が受けられないと、家計の負担になってしまうこともあるでしょう。申告前に必ず確認して、正しく確定申告をしてください。
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高柳政道
CFP・1級ファイナンシャル・プランニング技能士
静岡県出身。小売業やメーカー営業を経験後にライターへ転身。 FP資格を活かして執筆業務を行う。 得意分野は「株式投資」「保険」「クレジットカード」「カードローン」など。 保有資格は「CFP」「1級ファイナンシャル・プランニング技能士」。
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